Fue un médico, científico, profesor, filántropo de vocación católica, y franciscano seglar venezolano, declarado beato por la Iglesia católica. Ha sido venerado por hispanohablantes alrededor del mundo.
En 1949, 30 años después de su muerte, la Iglesia católica comenzó el proceso de canonización para declararlo santo. En 1986, el papa Juan Pablo II reconoció sus virtudes heroicas y lo declaró «venerable». El proceso se renovó el 18 de enero de 2021, luego de un milagro atribuido por la Iglesia católica a Hernández en San Fernando de Apure, Venezuela, en el que una niña se habría recuperado de una herida de bala gracias a su intercesión.
El papa Francisco autorizó la misa de beatificación de José Gregorio Hernández, realizada el 30 de abril de 2021.
Su festividad se celebra el día 26 de octubre.